1、环境原因：环境的或职业性地暴露于铅、一氧化碳或某一化学物质。使用某些药物或过量酒精摄入。缺乏睡眠、应激、或激素改变。停用某些抗忧郁和抗焦虑药物。
2、遗传原因：在不同的家族里已发现有许多类型病毒性脑炎后遗症，并且有些家族被检测出某一特殊基因异常。这些基因异常可导致人体内钙、钾、钠以及其他化学物质代谢细微的改变。遗传因素通常不是直接引发病毒性脑炎后遗症因，但会间接影响疾病发展。基因能影响药物代谢途径，或者可导致大脑局部神经元畸形。
3、其他疾病：引起脑损害的疾病往往也是病毒性脑炎后遗症的原因。有时通过治疗原发病可以阻止病毒性脑炎后遗症发展。但也有病例，原发病治愈后仍继续发生发作。 发作是否能停止取决于原发病的类型、受侵袭脑组织的部位以及脑损害的程度。
4、产前损伤：病毒性脑炎后遗症的原因可以归纳为哪些?对于胎儿而言，大脑的发育对产前损伤是十分敏感的，怀孕的母亲曾经患有感染、饮食不当、吸烟或者滥用药物及饮酒都会导致产前损伤。以上都可能导致脑性麻痹。大约20 %儿童期的病毒性脑炎后遗症发作是由脑性麻痹或其他神经系统疾病导致的。
5、大脑的生化因素：专家说，病毒性脑炎后遗症可能是某些大脑内的化学物质平衡失调导致的，这些化学物质帮助到脑内的神经细胞传递电冲动，这些化学物质称为神经递质。
6、颅脑损伤：颅脑损伤可以导致病毒性脑炎后遗症发作，如果颅脑损伤较严重，发作可能在近几年就会发生。而如果损伤是轻微的，发作的危险就会比较小。