在我国城镇化进程中，农村转移人口在土地使用上也存在着一系列问题，如农业用地土地产出收益不高，宅基地粗放式造成大量土地浪费，青壮劳动力外出转移导致农村土地种植率低等。这些问题的存在严重制约着我国经济社会的发展，也让我国的土地形势变得日益严峻。
一、农用地产出低下问题
以往对土地的使用是粗放式的，农业产出能力十分低下，单位面积所带来的经济收益小。与西方发达国家不同，我国土地使用受国情、体制限制无法达到大规模农场化的经营，虽然我国通过一系列的政策扶持，向农民发放农业补贴，给予种粮农民相关优惠等措施，提高农民种粮的积极性，从而提高粮食产量以保证我国的粮食安全。
但是我国农业用地的产出率依然低下，农业发展依然处于输血式发展状态。我国农业人口众多，零散式的农业发展模式已经无法满足世界农业发展的形势。加上以往政府单纯地强调经济增长，忽视土地的可持续发展，造成农村土地的价格远低于土地的真实市场价值，在土地征收过程中给予农民的土地补偿过低。
二、宅基地粗放式使用问题
以往的城镇化建设中，往往忽视农民在宅基地使用上存在的问题。一直以来，农民在自家宅基地的使用上缺少规划，导致农民自由选择建房、村庄布局散落、基础设施建设落后、公共服务设施缺失，村庄环境脏乱差等问题比较严重。
同时还存在着农民宅基地用地浪费严重、闲置率高、利用效率低、村庄无序蔓延侵占耕地等问题。在现在的宅基地使用框架下，农民的宅基地设计制度往往是农民福利式的土地权益，这就造成农民宅基地的土地没有充分利用好土地使用空间。
大量属于农民宅基地的土地空闲，这与我国土地资源紧张的实际情况呈现矛盾，与我们提高土地利用率的发展战略背道而驰。由于我国目前的土地制度，农民宅基地还不能市场化地顺畅流转，这更加剧了农民对宅基地土地资源上的浪费。
目前社会各界已经注意到农民宅基地使用上存在的问题，在充分保障农民合法利用的情况下，有效利用农民宅基地的土地空间，将其合理地利用到新型城镇化的建设中，成为他们